Berdirinya Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory pada tahun 1992 yang diawali dengan adanya keinginan Almarhum Bapak H. Nadjih Bin H. Idup selaku Waqif Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory sekaligus pembina Yayasan Al-Urwatul Wutsqo Untuk mewakafkan tanahnya seluas 5,2 hektar guna mendirikan lembaga pendidikan seperti Pondok Modern Gontor di wilayah Tangerang Selatan, namun saat ini yayasan tersebut telah berbah menjadi Yayasan Al-Amanah Al-Gontory yang diketuai oleh Al-Ustadz Syahril Shiddiq, S.Ag

Berangkat dari santri dengan jumlah 5 santri putra dan dewan guru 8 orang, namun Berkat usaha, kerja keras semua pihak dan kepemimpinan yang baik serta kerjasama yang solid, maka Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory mulai mendapat nama yang baik di mata masyarakat. Dukungan alumni dan masyarakat memberikan andil yang besar dalam perkembangan Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory selanjutnya. Dari tahun ketahun jumlah santri bertambah dan alumni yang melanjutkan ke perguruan tinggi di dalam maupun luar negeri pun semakin meningkat serta peran aktif para alumni di masyarakat, hal ini semakin memperbaiki citra Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory.

Seiring berkembangnya Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory dan tunutan masyarakat maka pada tahun 2001 Pondok Pesantren Al-Amanah Al-Gontory menerima Santriwati hingga saat ini.